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RT-PCR實驗心得和RNA提取心得

更新時間:2016-02-23      瀏覽次數:1455

     并不是所有的實驗都可以做real-time的,技術路線要選好。當你的基因表達量少或有些不表達。具體就是做普通pcr跑膠條帶比較弱,不是很亮的情況下,個人覺得不要選擇real,不容易做好,特別是融解曲線。用sbgr green染料做的話,引物設計時擴增片斷小于250bp,太長了不好擴。預實驗先rt-pcr,梯度溫度擴增,尋求退火溫度。并確定有較亮的目的條帶,試劑盒不能太差,要省錢的話可以把體系降到20ul,不要用普通的pcr試劑盒+sbgr green來作real,可以做出來,但是不穩定,很耗時間精力。上下游引物可以混在一起,摸條件時加樣比較方便,如果要批量的話,是分開的好些。如果用的是普通pcr的ep管,可以把蓋子剪掉,再加入20ul的石蠟油或礦物油封住液面,效果比較好,當然要確定你的機子是從蓋子上面檢測熒光的,而不是從側管壁。融解曲線不好,特別是有目的條帶高峰,但前面65-75度峰也較高時,可以再做一次融解曲線,一般都會變好一點,不過是把條件優化。

Real比較敏感,融解曲線不太好的時候,電泳結果也可以,所以對引物設計要求高些。如果條件優化很多次都好不了,那就換個引物了

提取步驟:invitrogen的RNA提取試劑盒trizol,紅色,100ml
1,取組織50-100mg,加入trizol試劑1ml,剪碎組織塊,勻漿5-15分鐘,后放室溫裂解5分鐘
2,4度,12000rpm離心10分鐘,換新ep管,取上清
3,按200ul/ml的trizol加入氯仿(1/5的體積),手動劇烈振蕩15秒,后室溫放置3分鐘
4,4度,12000rpm離心15分鐘
5,取上清至新ep管,注意少震動,少吸,一般400ul,不能吸入中間絮狀物質
6,按500ul/ml的trizol(等體積的,那就是400ul)的加入異丙醇(預冷),室溫10分鐘
7,4度,12000rpm離心10分鐘,棄上清,應該可以見到白色沉淀
8,加入75%的乙醇1ml洗滌,懸浮沉淀
9,4度,7500rpm離心5分鐘
10, 去上清,風干,5分鐘左右
11, 加入DEPC處理過的無酶水20-40ul,吹打融解沉淀,-70度保存
如果不是提特殊組織(如胰腺),好像也不是很難提,RNA也不是那么容易降解的。
我們經常口罩帽子都不戴,也沒事。但是關鍵步驟一定要注意,小心。
組織要勻漿好,可以把組織剪碎,剪刀我們也沒處理,盡快吧,加入trizol以后就沒事了,它可以抑制RNA降解的。一般就4-5分鐘,組織塊成白色的就行了。室溫裂解可以多放幾分鐘。
第5步比較關鍵,中間層一定不要吸。操作要輕柔,防止中間層飄起。
第7步就可以看見沉淀了,沉淀多,后面的水就多加些(40ul),如果沒看見沉淀,加水10ul就可以了,有些是有的,只是量太少了看不見。
提RNA一次提完,也就3個小時左右,不要提一半后保存
提完后測個濃度盡快逆轉錄

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